提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
台舆论:兵役延长、军售不断 军事新动向或让台湾成为“抗中肉垫”******
中新社台北12月31日电 在民进党当局宣布延长义务兵役至一年后,美国又宣布了最新一轮的对台军售。台媒舆论近日高度重视台当局军事动向,有评论认为,民进党承受不住美方压力,让台湾成为美国“抗中的肉垫”。
美国有意“指导”台湾延长兵役早已不是秘密。尽管当局一直矢口否认,随着兵役延长命令宣布,民进党当局所谓防务动向唯美国马首是瞻显露无遗。
专栏作者黄映溓在联合新闻网写道,开放进口美国“莱猪”、台积电先进制程赴美设厂等让民众危机感不断的事件,民进党都说“没有美国压力”;此次延长义务役时限,民进党同样宣称不是因为外部压力。这些话,民众信吗?
美方有关部门近日宣布的对台军售项目价值约1.8亿美元,这是美国政府一个月内的第二次对台军售。早在今年1月,台军方就证实计划向美方采购“火山”反战车快速布雷系统。在美方公布该案后,民进党当局防务主管部门声称,这一系统有助于提升台军所谓“不对称作战能力”。
台湾退役中将张延廷在中时新闻网撰文道,美国现政府已第八次对台军售。就战略层面,目前美国欲将台湾打造成一只“武装的刺猬、豪猪、毒蛙”,并和对岸进行激烈的焦土战。但两岸终究要长久走下去,因密切的经贸关系已不可能完全切割。一味在兵役制度或武器采购上缠绕,只是事倍功半、失去重心。
中国国民党智库安全组召集人、台立法机构前民意代表林郁方30日晚在政论节目上说,该反战车系统主要用于在滩岸上布雷,军事作用有限。政治人物真正的智慧是让战争不要爆发,而不是让台湾成为巷战、肉搏的战场,及美方的“抗中肉垫”。
《联合报》专栏“民意论坛”的文章表示,时至今日,台湾不寻求以和平方式化解两岸政治歧异,妄想用军事手段正面对决,无异于螳臂当车。政客自私自利,不负责任。但一旦战争爆发,战死的是年轻人、无辜的是百姓、逃跑的是政客。
台湾资深媒体人陈国祥在美丽岛电子报专栏发文称,越来越多的台湾民众感到战争阴云变浓。民进党的“抗中保台”诉求由于缺乏避免战争的具体方法,所以无法引起共鸣。许多年轻人已警觉,台湾陷入兵凶战危险境,就是执政者搞出来的局面。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)